To φέουδο αυτό είχε ως έδρα του το χωριό Κολόσσι, που είχε δοθεί αρχικά στους Ιωαννίτες, περιήλθε αργότερα για λίγο στην κατοχή των Ναϊτών και ύστερα επεστράφη πάλι στους Ιωαννίτες (βλέπε λήμμα και Κολοσσιού κάστρο). Το γνωστό κάστρο του Κολοσσιού στέγαζε τη διοίκηση της Κομμανταρίας που ήταν η πλουσιότερη και αξιολογότερη. Το 1318, όταν ο αντιπρόσωπος του πάπα Ιωάννη XXII Gerard de Pins διετάχθη να προβεί σε μεταρρυθμίσεις ως προς τη διαχείριση της Μεγάλης Κομμανταρίας επειδή είχαν διαπιστωθεί μεγάλες καταχρήσεις, διαπίστωσε πως ο τότε κομμαντάτωρ Alberto di Castel είχε συνεισφέρει στο ταμείο του τάγματος 30.000 βυζάντια, ενώ πιο πριν το ετήσιο εισόδημα που πληρωνόταν στο κεντρικό ταμείο του τάγματος στη Ρόδο, μετά την αφαίρεση της κάθε δαπάνης και του κάθε εξόδου, ανερχόταν στο καθαρό ποσόν των 60.000 βυζαντίων! Τα τεράστια αυτά ποσά φανερώνουν και τη σπουδαιότητα της Μεγάλης Κομμανταρίας.
Εξάλλου ανήκαν σ’ αυτήν τα ακόλουθα χωριά:
1. Colosso (Κολόσσι)
2. Mera (κοντά στην Αμμόχωστο;)
3. Chiegliachia (Κελλάκι)
4. Achera (Αχερά)
5. Clonari (Κλωνάρι)
6. Mavrovunos (Μαυροβούνι)
7. Sanida (Σανίδα)
8. Messorini (Μάσσαρι;)*
9. Armenochori (Αρμενοχώρι)
10. San Constantino (Άγιος Κωνσταντίνος)
11. Acurzos (Ακουρσός)
12. Apsius (Αψιού)
13. Iratori (Αρεδιού)
14. Gerasia (Γεράσα)
15. Nostra Donna de Legora (Παναγία του Λουβαρά)
16. Geramasogia (Γερμασόγεια)
17. San Zorzi (Άγιος Γεώργιος)
18. Vigla (Βίκλα)
19. Micero (Μιτσερό)
20. Agriolada (Αγρολάδου)
21. Sanzache (Ζακάκι)
22. Monagrulli (Μοναγρούλλι)
23. Ville (Βάβλα)
24. Laturu (Λατούρου)
25. Rukopa (Αρακαπάς)
26. Peramali (Παραμάλι)
27. Erimu (Ερήμη)
28. Angastina (Αγκαστίνα)
29. Eftagogna (Εφταγώνια)
30. Agrochipia (Αγροκήπια)
31. Glosa (Γλώσσα)
32. Catomoni (Κάτω Μονή)
33. Vassa (Βάσα)
34. Legora (Λουβαράς)
35. Chierochitia (Χοιροκοιτία)
36. San Paolo ( Άγιος Παύλος)
37. Igna (Ίνια)
38. Maticholoni (Μαθικολώνη)
39. Asomato (Ασώματος)
40. Moramenos (Μαραμένος [ή Μωρόν Νερόν])
ΣΗΜ.: Τα σημειωμένα με αστερίσκο χωριά είχαν διατελέσει και υπό την κατοχή των Ναϊτών πριν από τη διάλυση του τάγματός τους. (Βλέπε και Οικογένειες Φεουδαρχών στην Κύπρο)
Ανταγωνισμός με το τάγμα των Ιωαννιτών: Το φέουδο λοιπόν της Μεγάλης Κομμανταρίας ήταν τόσο μεγάλο και πλούσιο, ώστε υπήρχε συνεχής ανταγωνισμός μεταξύ των μελών του τάγματος των Ιωαννιτών για το ποιος θ’ ανελάμβανε τη διοίκησή του. Αρχικά η διοίκησή του παρεχωρείτο στον γενικό ταμία του τάγματος, αργότερα όμως παρεχωρείτο κυρίως σε μέλη του τάγματος που μιλούσαν την προβηγκιακή διάλεκτο, εξαιτίας μεροληψίας των εκάστοτε μεγάλων μαγίστρων των Ιωαννιτών, που κατάγονταν οι περισσότεροι από τη νότια Γαλλία. Προκειμένου ν’ αποφευχθεί η κατάσταση αυτή, το θέμα είχε συζητηθεί από τη σύνοδο της Αβινιόν το 1356. Αργότερα, το 1380, προτάθηκε η διαίρεση της Μεγάλης Κομμανταρίας σε επτά τμήματα, όσος ήταν κι ο αριθμός των γλωσσών που μιλούσαν τα μέλη του τάγματος των Ιωαννιτών. Η διευθέτηση αυτή δεν φαίνεται να είχε εφαρμοσθεί στην πράξη, παρά μόνο ως κάποιο μικρό βαθμό και για σύντομο χρόνο, επί ημερών του βασιλιά της Κύπρου Ιανού (1398-1432).
Η Μεγάλη Κομμανταρία είχε τεράστια εισοδήματα από την εκμετάλλευση της περιουσίας και των χωριών που κατείχε και, βέβαια, της καθημερινής εργασίας των χωρικών, κατοίκων των χωριών αυτών, που ήσαν δουλοπάροικοι. Στις μεγάλες εκτάσεις σε διάφορα μέρη της Κύπρου (Λεμεσός, Πάφος, Μεσαορία και αλλού) παράγονταν διάφορα προϊόντα, κυρίως δε σιτηρά, αμπέλια, ελιές, βαμβάκι και ζαχαροκάλαμο. Οι φυτείες ζαχαροκάλαμου και η παραγωγή ζάχαρης ήταν ιδιαίτερα σημαντική και προσοδοφόρα απασχόληση, ενώ μεγάλη φήμη είχε αποκτήσει και το εξαιρετικής ποιότητας γλυκό κόκκινο κρασί που παραγόταν, και το οποίο παρέμεινε γνωστό μέχρι σήμερα ως κουμανταρία, από το όνομα της Μεγάλης Κομμανταρίας.
Το φέουδο αυτό των Ιωαννιτών ιπποτών διαχειριζόταν ο διοριζόμενος από το τάγμα μέγας κομμαντάτωρ, που συνήθως ήταν εκείνος τον οποίο ευνοούσε ο μεγάλος μαγίστρος των Ιωαννιτών και η ανώτατη διοίκηση του τάγματος. Ο μέγας κομμαντάτωρ ανελάμβανε την κατοχή, διοίκηση και διαχείριση της Μεγάλης Κομμανταρίας με την υποχρέωση να συνεισφέρει στο κεντρικό ταμείο του τάγματος ετήσιες χρηματικές καταβολές που γίνονταν κατά τη γιορτή της γέννησης του Αγίου Ιωάννη του Βαπτιστή, δηλαδή στις 24 Ιουνίου. Ο διορισμός μεγάλων κομμαντατόρων ήταν ισόβιος, αν και ήταν δυνατό υπό ορισμένες προϋποθέσεις (όπως η μη καταβολή των ετήσιων εισφορών) να ακυρώνεται.
Προκύπτει συνεπώς ότι η Μεγάλη Κομμανταρία, αν και υπέκειτο στις γενικές διατάξεις και υποχρεώσεις του τάγματος των Ιωαννιτών, διατηρούσε ωστόσο σημαντική αυτονομία.
Το 1330 η γενική συνέλευση των Ιωαννιτών στο Montpensier όρισε ότι για περίοδο 10 χρόνων, το ετήσιο ποσόν που θα κατέβαλλε η Μεγάλη Κομμανταρία στο γενικό ταμείο του τάγματος θα ήταν 60.000 κυπριακά βυζάντια (=15.000 χρυσά φλωρίνια περίπου). Το ποσόν αυτό ήταν το μεγαλύτερο απ' όλα όσα κατέβαλλαν στο γενικό ταμείο του τάγματος τα οποιαδήποτε φέουδα που ανήκαν στους Ιωαννίτες. Το 1339 φαίνεται ότι το υπέρογκο αυτό ποσόν είχε αυξηθεί, γιατί κατά τον χρόνο αυτό το τάγμα αναφέρεται ότι είχε εισπράξει 20.000 χρυσά φλωρίνια. Για ν’ αντιληφθεί κανένας τη διαφορά, σημειώνουμε ότι το αμέσως επόμενο σημαντικό εισόδημα του τάγματος των Ιωαννιτών, που προερχόταν από τις ενωμένες δεσποτείες St. Gilles και Provence (Γαλλία), ανερχόταν κατά την ίδια περίοδο σε 14.000 χρυσά φλωρίνια κατ’ έτος.
Ωστόσο μετά τα μέσα του 15ου αιώνα το εισόδημα των Ιωαννιτών ιπποτών από τη Μεγάλη Κομμανταρία της Κύπρου είχε ελαττωθεί σημαντικότατα. Το 1468 ανερχόταν σε 4.000 χρυσά φλωρίνια και το 1471 σε 4.500. Η παρακμή αυτή φαίνεται ότι ήταν αποτέλεσμα καταστροφών στις καλλιέργειες, που είχε ως επακόλουθο την κάθετη πτώση της παραγωγής, εξαιτίας πολέμων (εισβολή των Μαμελούκων το 1425-26), επιδρομών ακρίδων, επιδημιών κλπ. Κατά τις αρχές της Βενετοκρατίας (1489-1570) η Μεγάλη Κομμανταρία αναφέρεται ότι κατείχε 41 συνολικά χωριά της Κύπρου, που παρείχαν ετήσιο εισόδημα περί τα 8.000 δουκάτα.
Το φέουδο στην οικογένεια Κορνάρο: Στο μεταξύ, από το 1488, με τη σύμφωνη απόφαση του τάγματος των Ιωαννιτών, το φέουδο του Κολοσσιού περιήλθε στην κατοχή της οικογένειας Κορνάρο. Όταν το 1471 πέθανε ο μέγας κομμαντάτωρ Langstrother, η διοίκηση της Mεγάλης Κομμανταρίας είχε δοθεί (26.11.1471) στον Νικόλαο Ζαπλάνα, που είχε υποσχεθεί την καταβολή στο γενικό ταμείο των Ιωαννιτών ετήσιας εισφοράς από 4.500 φλωρίνια. Μετά όμως την προδοτική δραστηριότητα και φυγή του συγγενούς και προστάτη του Ιακώβου Ζαπλάνα, η βασίλισσα της Κύπρου Αικατερίνη Κορνάρο (1473 -1489) του είχε αφαιρέσει την εξουσία (24.3.1474). Ο οίκος των Κορνάρο, ένας των σπουδαιότερων της Βενετίας (από τον οποίο προερχόταν και η βασίλισσα της Κύπρου Αικατερίνη Κορνάρο), πολύ πριν γίνει κάτοχος και της Μεγάλης Κομμανταρίας, κατείχε ήδη σημαντική περιουσία με έδρα τη γειτονική προς το Κολόσσι Επισκοπή. Ο οίκος Κορνάρο διατήρησε τις κτήσεις της Μεγάλης Κομμανταρίας μέχρι και την κατάκτηση της Κύπρου από τους Τούρκους (1570). Αργότερα διατήρησε τους τίτλους.
Μεταξύ των γνωστότερων μεγάλων κομμαντατόρων που διοίκησαν τη Μεγάλη Κομμανταρία της Κύπρου, περιλαμβάνονται ο Alberto di Castel (α' μισό του 14ου αιώνα), ο Hesso von Schlägelholz (τέλη 14ου - αρχές 15ου αιώνα), ο Raymond de Lescure (αρχές 15ου αιώνα), ο John Langstrother (β' μισό του 15ου αιώνα) και ο Nicolo Zaplana (β' μισό του 15ου αιώνα).